После ремонта двигателя проблемы

Вы бы договор составили. В нем обязательно надо обозначить следующие обязательства: кто несет ответственность за контрактный двигатель (кто его выбирает, гарантии поставщика, что делать в случае неисправностей), гарантии самого сервиса, испытательный срок эксплуатации (чтобы не получилось, как с родным двигателем, или проехали 100 км- чек загорелся и т. д.), документальное подтверждение исправности двигателя (распечатка диагностической карты с основными параметрами двигателя: компрессия, топливная коррекция, работа форсунок, угол зажигания, работа VVTi, состав выхлопных газов, много еще можно перечислять).
Попытайтесь максимально застраховать свои деньги от некачественного ремонта.
Что касается Вашего родного двигателя: перегрев и потеря охлаждающей жидкости, вероятнее всего, является следствием некачественной установки прокладки между головкой и блоком цилиндров, конкретно- не была проведена качественная зачистка сопрягаемых поверхностей. Проводя эту операцию трудно что-то сделать неправильно- нужно просто провести работу АККУРАТНО и согласно мануалу. Но после того, что Вам было заявлено о необходимости регулировки клапанов ПОСЛЕ окончания ремонта двигателя (связанного с ЗАМЕНОЙ клапанов), от этого сервиса можно ожидать чего угодно...
В заключение: в вашем двигателе есть новые детали, которые стоят денег. Не оставляйте двигатель этим сервисменам "за просто так". Попытайтесь его продать- целиком или по частям. Вы знаете цену тех деталей, которые заменили. Конечно, это не уже не новые детали, но они все же имеют цену. Конечно, много на этом не заработаете, но хотя бы частичная компенсация никому не помешает.